菏泽市传染病医院始建于1953年，财政拨款事业单位，担负全市传染病救治和应对突发公共卫生事件的医疗任务。医院占地面积46亩（2012年计划扩地50亩），建筑面积10000余平方米，开放床位200张，现有编制158人，在职在编人数145人，其中高级职称22人、中级职称74人。硕士研究生学历3人，本科学历65人，大专学历43人，中专及以下学历34人。设有结核病区、肝病病区、手足口病区、肿瘤病区、性病艾滋病科等临床特色科室。与北京佑安医院、北京航天中心医院、山东省胸科医院建立了友好协作关系。医院先后荣获“全国百姓放心传染病专科示范医院”、“全国结核病防治先进单位和个人”、“山东省富民兴鲁劳动奖章”、“山东省诚信医疗卫生单位”、“山东省爱国卫生先进单位”、“山东省卫生系统工会工作先进集体”、“全市卫生工作先进集体”、“全市‘四德’工程建设先进单位”、“全市职业道德先进集体”等多项荣誉称号。